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    基因测序及基因组学技术平台

    2020/7/30 9:58:30 广东省农业科学院农业生物基因研究中心

          基因测序及基因组学平台,是2012年依托中国农业科技华南创新中心搭建的Illumina公司MiSeq测序仪和NextSeq500测序仪的测序平台。可以针对不同的需求实现更专门的应用,提供多种测序读长、通量和时间周期选择,满足各类科研及应用需求对成本和速度的差异化需求。应用于复杂疾病、农业基因组学、微生物学和宏基因组学等研究领域; 可与传统临床医学、动物医学的最新科研结果结合,形成精准医疗,为疾(疫)病诊断、治疗、临床决策、毒株变异监测等带来革命性、颠覆性、去“卡脖子”性的改变及发展。
          一、服务内容:
          主要为科研、高校、企业研发机构等提供完整的基因检测研究方案,集咨询、样品制备、建库、测序、数据质量检测、深度的生物信息分析为一体。根据用户要求进行个性化实验设计及数据分析,解决数据分析难题和提供论文撰写咨询。
    主要服务内容:新基因组测序-组装, 基因组重测序-SNP分析,简化基因组测序-QTL定位,转录组测序-组装-差异表达基因分析等。
    精准服务项目包括:
    l 动植物基因组测序
                                                                   全基因组de novo测序
    l 外显子组测序
    SNP遗传图谱构建
    全基因组关联分析
    BSA性状定位分析
    群体进化分析
    l 动植物转录组测序
    全长转录组
                                                           宏转录组测序
    比较转录组测序
    lncRNA测序
    circRNA测序
    small RNA测序
    l 动植物表观组测序
    全基因组甲基化测序
    ChIP-seq
    RIP-seq
    l 微生物基因组测序
    细菌基因组de novo测序
    真菌基因组de novo测序
    16S/18S/ITS等扩增子测序
    宏基因组测序
           二、服务流程

          从材料选取,建库测序,到数据分析,确保科学和缜密,以保障高质量研究成果。


             三、应用案例
           (一)科研服务:被广泛应用于复杂疾病、农业基因组学、微生物学和宏基因组学等研究领域。


          (二)产业服务:
           1.养殖:易感基因筛查、早期诊断、精准监测、精准免疫;
           2.疫苗:疫苗毒株筛选分析;临床变异监测;靶标挖掘;数据库建设;
           3.微生物:优势菌筛选,精准调控;保种,靶标挖掘;
           4.其他:基因数据分析及基因数据库定制。
     
           联系方式
           联系人:朱老师
           联系电话: 020-85161412,13826466467
           电子邮箱:zhuqingfeng@agrogene.ac.cn
           地址:广州市天河区金颖路20号创新大楼13楼


           附:主要仪器简介
           MiSeq测序仪是一台小型中低通量桌面式系统,具有测序速度快,数据准确的优点,具有革命性的便捷流程,比如:靶向基因测序、宏基因组测序、小型基因组测序、靶向基因表达、扩增子测序、16srRNA微生物多样性分析测序、转录组de novo测序、微生物基因组测序、小RNA测序、表达谱测序、ChIP-Seq等。
    MiSeq能在单次运行中产生2x300 bp读长和高达15 Gb数据的台式测序仪,实现小型基因组的组装或目标变异的准确检测,特别是在同聚物区域,每次运行中产生比以往任何版本更多的reads。


           NextSeq500测序仪延续Illumina经典的边合成边测序(SBS)原理,是世界上成功且被广泛采用的高通量测序技术,融合了数据通量和台式测序仪的简约,能够在单次运行中完成当下最热门的测序应用,具有流程简单、数据产量大(120Gb)和快速准确等特点。可在高产量(High Output)和中等产量(Medium Output)两种模式下开展测序实验,满足不同实验的需求,主要适用于全基因组、外显子组、转录组测序。
           ●操作更便捷。图标触控式操作系统,预制全部测序试剂,即拆即用;无需人工干预;操作步骤更少,质控更容易
           ●数据更准确。数据质量不受连续碱基重复区影响
           ●通量灵活。搭载高通量芯片和中通量芯片,可根据样本量自由选择,缩短样本收集时间,提高测序仪的使用效率。




       

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